Évasion de neutralisation par les sous-variants SARS-CoV-2 Omicron BA.2.12.1, BA.4 et BA.5

Pour l’éditeur:

Figure 1. Figure 1. Mutations des sous-variantes d’Omicron et réponses d’anticorps neutralisants.

Le panneau A montre la lignée des mutations qui ont été identifiées dans les sous-variants omicron BA.1, BA.2, BA.2.12.1 et BA.4 ou BA.5 du SRAS-CoV-2, par rapport à la référence WA1 /2020 isoler. BA.4 et BA.5 ont des séquences identiques de la protéine de pointe et ont donc été regroupés. FP désigne le peptide de fusion, la répétition heptad HR1 1, la répétition heptad HR2 2, le domaine N-terminal NTD, le domaine de liaison au récepteur RBD, le motif de liaison au récepteur RBM, le sous-domaine SD1 1 et le sous-domaine SD2 2. Le panneau B montre les titres d’anticorps neutralisants tels que déterminés par des tests de neutralisation de pseudovirus basés sur la luciférase dans des échantillons obtenus de 27 participants 6 mois après la réception de la série de vaccins à ARN messager BNT162b2 à deux doses et 2 semaines après la troisième dose (rappel). Le panneau C montre les titres d’anticorps neutralisants chez les participants qui avaient été infectés par le sous-variant BA.1 ou BA.2. Tous les participants infectés avaient été vaccinés à l’exception d’un participant qui avait un titre d’anticorps neutralisant négatif. Chez 9 participants, deux ou trois moments après l’infection sont indiqués. Les titres d’anticorps neutralisants ont été mesurés par rapport à l’isolat de référence SARS-CoV-2 WA1/2020 et aux sous-variants omicron BA.1, BA.2, BA.2.12.1 et BA.4 ou BA.5. Dans les panneaux B et C, les médianes (barres noires) sont présentées numériquement et les différences de facteurs par rapport aux autres sous-variantes sont indiquées ; la ligne horizontale en pointillés indique la limite inférieure de détection pour le test.

Ces derniers mois, plusieurs lignées de la variante omicron (B.1.1.529) du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) ont émergé,^une avec les sous-variants BA.1 et BA.2 montrant une fuite substantielle des anticorps neutralisants.^2-5 La sous-variante BA.2.12.1 est maintenant la souche dominante aux États-Unis, et BA.4 et BA.5 sont dominantes en Afrique du Sud (Figure 1A). Les sous-variants BA.4 et BA.5 ont des séquences identiques de la protéine de pointe.

Nous avons évalué les titres d’anticorps neutralisants contre l’isolat de référence WA1/2020 du SARS-CoV-2 ainsi que les sous-variants omicron BA.1, BA.2, BA.2.12.1 et BA.4 ou BA.5 chez 27 participants qui avaient été vaccinés et boostés avec le vaccin à ARN messager BNT162b2 (Pfizer-BioNTech) et chez 27 participants qui avaient été infectés par la sous-variante BA.1 ou BA.2 une médiane de 29 jours plus tôt (intervalle, 2 à 113) (Tableaux S1 et S2 dans l’annexe supplémentaire, disponible avec le texte intégral de cette lettre sur NEJM.org). Dans la cohorte vaccinée, les participants ont été exclus s’ils avaient des antécédents d’infection par le SRAS-CoV-2 ou un résultat positif à l’analyse sérologique de la nucléocapside ou s’ils avaient reçu un autre vaccin contre la maladie à coronavirus 2019 (Covid-19) ou un médicament immunosuppresseur.

Six mois après les deux premières immunisations au BNT162b2, le titre médian d’anticorps neutralisants du pseudovirus était de 124 contre WA1/2020 mais de moins de 20 contre tous les sous-variants omicron testés (Figure 1B). Deux semaines après l’administration de la dose de rappel, le titre médian d’anticorps neutralisants a considérablement augmenté, à 5783 contre l’isolat WA1/2020, 900 contre le sous-variant BA.1, 829 contre le sous-variant BA.2, 410 contre le BA.2.12.1 sous-variante, et 275 contre la sous-variante BA.4 ou BA.5. Ces données montrent que par rapport à la réponse contre l’isolat WA1/2020, le titre en anticorps neutralisants était inférieur d’un facteur 6,4 contre BA.1, d’un facteur 7,0 contre BA.2, d’un facteur 14,1 contre BA. 2.12.1, et par un facteur de 21,0 par rapport à BA.4 ou BA.5. De plus, par rapport au titre médian d’anticorps neutralisants contre le sous-variant BA.1, le titre médian était inférieur d’un facteur 2,2 contre le sous-variant BA.2.12.1 et d’un facteur 3,3 contre BA.4 ou BA. 5 sous-variantes.

Parmi les participants qui avaient été infectés par le sous-variant BA.1 ou BA.2 d’omicron, tous sauf un avaient été vaccinés contre le Covid-19. En raison de la variation de l’échantillonnage après le début de l’infection, certains échantillons peuvent ne pas refléter les titres d’anticorps neutralisants maximaux (tableau S2). Parmi les participants ayant des antécédents de Covid-19, le titre médian d’anticorps neutralisants était de 11 050 contre l’isolat WA1/2020, 1 740 contre la sous-variante BA.1, 1 910 contre la sous-variante BA.2, 1 150 contre la sous-variante BA.2.12.1 , et 590 contre la sous-variante BA.4 ou BA.5 (Illustration 1C). Ces données montrent que par rapport à l’isolat WA1/2020, le titre médian en anticorps neutralisants était inférieur d’un facteur 6,4 contre BA.1, d’un facteur 5,8 contre BA.2, d’un facteur 9,6 contre BA.2.12. 1, et par un facteur de 18,7 contre BA.4 ou BA.5. De plus, par rapport aux titres médians contre la sous-variante BA.1, le titre médian était inférieur d’un facteur 1,5 contre la sous-variante BA.2.12.1 et d’un facteur 2,9 contre la sous-variante BA.4 ou BA.5 .

Ces données montrent que les sous-variants BA.2.12.1, BA.4 et BA.5 échappent sensiblement aux anticorps neutralisants induits à la fois par la vaccination et l’infection. De plus, les titres d’anticorps neutralisants contre le sous-variant BA.4 ou BA.5 et (dans une moindre mesure) contre le sous-variant BA.2.12.1 étaient inférieurs aux titres contre les sous-variants BA.1 et BA.2, ce qui suggère que le SRAS La variante -CoV-2 omicron a continué d’évoluer avec l’augmentation de l’échappement de neutralisation. Ces résultats fournissent un contexte immunologique pour les poussées actuelles causées par les sous-variantes BA.2.12.1, BA.4 et BA.5 dans les populations à haute fréquence de vaccination et d’infection BA.1 ou BA.2.

Nicole P. Hachmann, BS
Jessica Miller, BS
Ai-ris Y. Collier, M.D.
John D. Ventura, Ph.D.
Jingyou Yu, Ph.D.
Marjorie Rowe, BS
Esther A. Bondzie, MSN
Olivia Powers, BS
Nehalee Surve, MS
Kevin Hall BS
Dan H. Barouch, MD, Ph.D.
Centre médical Beth Israel Deaconess, Boston, MA
[email protected]

Cette lettre a été publiée le 22 juin 2022 sur NEJM.org.