Lorsque les premiers cas de monkeypox ont été identifiés début mai, les autorités sanitaires européennes étaient perplexes. Le virus n’était pas connu pour se propager facilement parmi les gens, et encore moins infecter des dizaines – et bientôt des centaines – de jeunes hommes.
Les origines de l’épidémie deviennent maintenant plus claires. L’analyse génétique suggère que bien que le virus de la variole du singe se propage rapidement à l’air libre, il circule silencieusement chez les humains depuis des années.
Les responsables de la santé ont déjà identifié deux versions du monkeypox chez les patients américains, suggérant au moins deux chaînes de transmission distinctes. Des chercheurs de plusieurs pays ont trouvé des cas sans source d’infection connue, indiquant une propagation communautaire non détectée. Et une équipe de recherche a fait valoir le mois dernier que le monkeypox avait déjà franchi un seuil de transmission durable de personne à personne.
L’information génétique disponible à ce jour indiqué qu’à un moment donné au cours des dernières années, le virus s’est mieux propagé entre les personnes, a déclaré Trevor Bedford, biologiste de l’évolution au Fred Hutchinson Cancer Research Center de Seattle.
“Les modèles génomiques suggèrent que cela s’est produit vers 2018”, a déclaré le Dr. dit Bedford.
Si le virus s’est adapté pour inclure des personnes comme hôtes, les épidémies de monkeypox pourraient devenir plus fréquentes et plus difficiles à contenir. Cela comporte le risque que la variole du singe puisse se propager des personnes infectées aux animaux – très probablement des rongeurs – dans des pays en dehors de l’Afrique, qui lutte contre ce problème depuis des décennies. Le virus peut persister chez les animaux infectés, déclenchant sporadiquement de nouvelles infections chez l’homme.
“Nous pouvons également transmettre cela aux animaux qui peuvent propager la maladie dans la faune et aux humains”, a déclaré Sagan Friant, anthropologue à l’Université d’État de Pennsylvanie qui a étudié les interactions homme-animal au Nigeria pendant environ 15 ans.
Plus il faut de temps pour contenir le virus, plus il y a de chances qu’il trouve un nouveau foyer permanent chez les personnes ou les animaux, a déclaré le Dr. dit Friant.
Mercredi, les États-Unis avaient recensé 156 cas dans 23 États et le district de Columbia. Le bilan mondial a dépassé 3 400 cas confirmés et 3 500 autres cas sont en cours d’évaluation, triplant le nombre d’il y a deux semaines.
En Afrique, huit pays avaient signalé plus de 1 500 cas suspects et 72 décès au 10 juin, dont la plupart en République démocratique du Congo.
Monkeypox est un grand virus à ADN double brin, environ sept fois plus gros que le coronavirus. Les virus à base d’ADN peuvent corriger leurs propres erreurs lorsqu’ils répliquent leur matériel génétique. Ils peuvent ne collecter qu’une ou deux mutations par an contre 20 à 30 mutations pour un virus à ARN comme le coronavirus.
Mais le virus monkeypox semble avoir accumulé un nombre étonnamment élevé de mutations – près de 50 par rapport à une version qui a circulé en 2018, selon des analyses préliminaires.
Sur les 47 mutations identifiées dans une analyse, 42 portent la signature distincte d’une enzyme appelée Apobec3. Cette enzyme, découverte pour la première fois par des chercheurs étudiant le VIH, est un soi-disant facteur de défense de l’hôte – une arme du système immunitaire que les animaux et les humains utilisent pour désarmer des virus comme la variole du singe.
L’enzyme force essentiellement les virus à faire des erreurs lorsqu’ils tentent de se répliquer, ce qui les amène à s’autodétruire. Les souris ne portent qu’une seule version de cette enzyme, tandis que les humains en ont sept. L’accumulation rapide de mutations, caractéristiques de l’enzyme depuis 2018, suggère que la variole du singe a peut-être changé d’hôte pour les personnes à cette époque, a déclaré le Dr. dit Bedford.
On ne sait pas comment les mutations pourraient changer le virus. Sur 48 mutations identifiées en Grande-Bretagne, 21 peuvent affecter la propagation de la maladie, sa gravité et sa réponse à un traitement appelé tecovirimat, selon la UK Health Security Agency.
Mais parce que les mutations introduites par l’enzyme Apobec3 sont censées nuire au virus, leur quantité seule n’est pas inquiétante, a déclaré Michael Malim, virologue au King’s College de Londres qui a découvert Apobec3 en 2002. L’effet des mutations est “plus susceptible d’être débilitant ,” il a dit. Comparer la version actuelle du virus avec des échantillons des dernières années pourrait aider à comprendre comment il a évolué, mais ces informations sont rares. Le Nigeria n’avait pas la capacité de séquencer le matériel génétique avant 2017.
Depuis lors, les scientifiques ont analysé les séquences d’environ 50 cas de monkeypox, selon le Dr. Ifedayo Adetifa, directeur du Centre nigérian de contrôle des maladies. Mais sans l’équipement spécialisé ou l’expertise nécessaire pour une analyse rapide, les scientifiques n’ont pas encore terminé leur travail, a-t-il déclaré.
Bien que les chercheurs aient répondu à plusieurs demandes de données provenant de l’extérieur du Nigeria, le Dr. Adetifa a déclaré qu’ils attendraient de publier leur travail pour empêcher les équipes disposant de plus de ressources de les surpasser et de s’attribuer le mérite.
Ce qu’il faut savoir sur le virus Monkeypox
Qu’est-ce que la variole du singe ? Monkeypox est un virus endémique dans certaines parties de l’Afrique centrale et occidentale. Elle est semblable à la variole, mais moins grave. Il a été découvert en 1958, après que des épidémies se soient produites chez des singes gardés pour la recherche, selon les Centers for Disease Control and Prevention.
“Je suis tout à fait pour le partage ouvert des données et tout ça”, a-t-il déclaré. “La question est, qui en profite?”
Certains experts ont averti pendant des années que l’éradication de la variole en 1980 a laissé le monde vulnérable à la famille élargie des poxvirus et a augmenté les chances que le monkeypox devienne un agent pathogène humain efficace.
En Afrique de l’Ouest, l’incidence du monkeypox a été multipliée par au moins vingt depuis 1986. Dans les pays africains en général, le Dr. Adetifa a déclaré: “Nous soupçonnons une sous-déclaration car il y a eu une sensibilisation relativement faible et peut-être un faible risque perçu de monkeypox.” Le Nigeria intensifie sa surveillance du monkeypox, et le nombre de cas pourrait augmenter à mesure que de plus en plus de personnes prennent conscience du virus, a-t-il ajouté.
Bien que la variole du singe ait une éruption cutanée caractéristique qui apparaît sur la paume des mains et la plante des pieds, elle est souvent confondue avec la varicelle. De nombreux hommes dans l’épidémie actuelle ont des lésions sur leurs organes génitaux, mais celles-ci peuvent être confondues avec des infections sexuellement transmissibles telles que la syphilis, la gonorrhée et la chlamydia.
Des chercheurs en Italie et en Allemagne ont rapporté avoir trouvé de l’ADN du monkeypox dans le sperme, mais on ne sait pas si le virus se propage de cette façon ou s’il est simplement présent dans le sperme et les sécrétions vaginales.
La propagation chez les jeunes hommes atteints d’ulcères génitaux a été observée au moins une fois auparavant. En 2017, le Nigeria a enregistré 228 cas suspects de monkeypox et en a confirmé 60. Le virus s’est propagé principalement chez les jeunes hommes qui avaient des ulcères génitaux.
L’expérience britannique montre à quel point il peut être compliqué de retracer les contacts d’un virus qui peut être transmis sexuellement, en particulier dans les cas où les personnes infectées ont eu plusieurs partenaires anonymes. Dans une première analyse d’un sous-ensemble de cas, les responsables ont déclaré avoir pu obtenir les noms de moins d’un tiers des 78 contacts sexuels signalés.
De nombreux cas en Afrique ont été attribués à des contacts avec des animaux sauvages ou à l’utilisation de produits d’origine animale à des fins médicinales ou culturales.
Alors que la déforestation et l’urbanisation poussent les gens et les animaux à se rapprocher, davantage de virus pourraient faire le saut vers les hôtes humains. Monkeypox est le plus susceptible de sauter aux personnes des rongeurs. Il existe environ 2 000 espèces de rongeurs dans le monde, représentant 40 % de toutes les espèces de mammifères. L’écureuil à corde africaine est un candidat de premier plan en tant que principal réservoir de la variole du singe, mais il existe d’autres prétendants, notamment des souris et des loirs rayés, des rats à poche géante, des rats à nez rouillé et des porcs-épics à queue en brosse.
Lors d’une épidémie de 2003 aux États-Unis, une cargaison de rats gambiens importés d’Afrique a transmis la variole du singe à des chiens de prairie, qui ont ensuite infecté 71 Américains. Mais les autorités n’ont trouvé aucun signe du virus chez les animaux aux États-Unis une fois la vague de cas terminée.
Il n’y a aucune garantie que la chance tiendra cette fois. “Ces retombées d’autres espèces, et ce que cela signifie et quelle est la trajectoire – c’est très imprévisible”, a déclaré le Dr. dit Malim. “Et ça arrive de plus en plus.”
